선교전공학생들은 목회자로서의 자질을 갖추는데 필요한 모든 필수과목을 목회전공학생들과 동일하게 이수하고 있으며, 그 외에 선교사역을 위해 필수적으로 갖추어야 할 선교이론과 실습, 공동체훈련 그리고 외국어 등을 필수적으로 이수하게 됩니다.

3학년 2학기에 8주 과정으로 진행되며 학생들과 가족들이 함께 훈련받습니다. 선교전공자가 아니더라도 훈련과정에 참여할 수 있도록 개방되어 있으며 지금까지 9기 훈련생들이 배출되었습니다.

선교전공과정 이수자들에게는 고신 총회 파송선교사 지원에 필요한 BMTC, KMTC 훈련과정이 면제되며, 선교공동체훈련을 이수한 선교전공자 아내나 비선교전공자들에게는 BMTC 훈련과정이 면제됩니다.